我国主要农作物品种选育、种子生产繁育及市场流通已成为一个独立产业，我国主要作物品种更新换代了3～5次，良种覆盖率达85%以上，新品种在农业科技进步中贡献率达35%～40%。
《中药材生产质量管理规范(试行)》（2002年）第十条指出“加强中药材良种选育、配种工作，建立良种繁育基地，保护药用动植物种质资源”。但作为“源头工程”的良种选育却是中药材GAP研究中最薄弱环节，绝大部分药材没有优良品种，栽培的为遗传混杂群体，整齐度差、产量低、品质不稳定。“源头工程”缺位，成为制约中药材规范化生产、药材优质的主要“瓶颈”环节之一。
中药材的地方品种（农家品种）整理和挖掘利用工作没有得到系统开展，只有个别药材如人参Panax ginseng、地黄Rehmannia glutinosa等研究较多。育成品种也称为改良品种，是针对特定地区的自然条件和生产水平，按照预定目标，通过各种育种途径选育出来，并在生产上推广的作物品种。其中不到10%的中药材选育出优良品种并在生产上大面积推广。因此我国中药材新品种选育工作还非常薄弱，良种对药材产量提高和质量改善贡献还微乎其微。
没有稳定整齐的品种，就难以保证药材质量的优质稳定，因此中药材种子种苗的标准化是中药材规范化生产的前提和基础。中药材种子种苗标准化的关键是选育优良品种。栽培药材近300种，绝大部分药材没有育成品种；由于生产的区域性和道地性，每种药材需3～5个优良品种才能覆盖生产；新品种使用5～8代后一般就需要更新。上述因素决定了中药材新品种选育工作需要全国力量的参与，更需要国家长期、持续、稳定的投入和支持。而随着一大批中药材优良品种在生产上的应用，以及与良种相配套规范化栽培技术的推广，中药材生产将发生根本性变化。部分中药材新品种选育情况见表：
62种中药材育成品种情况表
药材名称 | 人参、西洋参、山茱萸、广藿香、千年健、山豆根、天麻、北五味子、巴戟天、五倍子、化橘红、白芍、平贝母、柴胡、甘草、防风、红花、关黄柏、百合、广佛手、白花蛇舌草、阿魏、灵芝、沙苑子、延胡索、赤芍、牡丹皮、诃子、沙棘、剌五加、知母、北细辛、山楂、枸杞、草果、砂仁、浙贝母、川贝母、党参、桔梗、秦艽、益智仁、麻黄、黄芩、淫羊藿、黄精、远志、银柴胡、槟榔、板蓝根、金银花、半夏、丹参、地黄、黄芪、绞股蓝、栝楼、菊花、三七、山药、吴茱萸、紫菀等62种 |
选育新品种 | 沙棘(金阳、绥棘2号、绥棘3号),人参(吉参1号、黄果人参) ,括楼(皖萎1号) ,绞股蓝(恩七叶甜、 恩五叶蜜),红花(川红一号、花油二号),枸杞(宁杞一号、二号、宁杞三号),柴胡(中柴1号、2号、3号),板蓝根(四倍体板蓝根) , 西洋参(三抗一号) ,浙贝母(新岭一号),地黄(北京1号、2号、红金号、茎尖16号、温85-5) ,半夏(鄂半夏1号) ,三七(文七1号)等14种,菊花(小洋菊、早小洋菊、金菊 |
